1792年,西班牙被天主教掌控,为了避免法国革命的影响,重新开启宗教裁判所来管理国内局势。洛伦佐(哈维尔·巴登饰)是这场运动的领导者,他精于谋略,成功控制了宗教裁判所的权力。画家弗朗西斯科·戈雅(斯特兰·斯卡斯加德饰)是洛伦佐的朋友,因为一个模特伊内斯(娜塔丽·波特曼饰)的缘故,戈雅被冤枉入狱受尽折磨。戈雅请求洛伦佐帮助救出伊内斯,但惨遭洛伦佐背叛,伊内斯被他强奸,并被囚禁在地牢中。
二十年后,西班牙被法国占领,洛伦佐被驱逐流放,意图重掌宗教裁判所。戈雅则因失去了大部分听力而孤独地囚禁在阴暗的内心世界,这段时间却是他创作的巅峰期。法国消灭了西班牙宗教裁判所,伊内斯得以重获自由,但她找到的几乎已经不是记忆中的戈雅。一场悲剧性的往事,将影响各自的命运。