日本科学家田所博士(小林桂树饰)率领团队探索深海,却发现海底出现异常龟裂和乱泥流。经过调查,他断定日本列岛将会在一年内沉没。然而,政府官员却不相信他的预测,山本首相(石坂浩二饰)是唯一认识到危机严重性的人。他任命田所的前妻鹰森沙织(大地真央饰)为危机管理大臣,带领田所和团队拯救日本。很快,从北海道开始,日本陷入大规模的地质灾害,政府束手无策,海外移民政策也无法阻挡灾难。日本即将沉没。最终,田所和团队找到了挽救日本的方法,但实施起来却十分困难。该片改编自日本畅销小说家小松左京的同名小说,耗资20亿日元,是日本影坛最大规模的灾难片。