这个故事发生在一个因为每年樱花盛开而闻名的梦幻般的岛屿,叫做初音岛。在这个岛上,发生了一系列令人难以置信的事件:本应该永远不会枯萎的樱花,竟在一夜之间全部凋谢。两年后,初音岛再度迎来了樱花盛开的季节。主人公朝仓纯一来到风见学园,开始了新的校园生活。他以前的口头禅“好困”消失了,变得勤奋努力,热衷于体育,是一个开朗的青年。与此同时,他曾经离开的两个妹妹朝仓音梦和朝仓雪梨也回到了初音岛。纯一的日常生活也因为她们的出现而变得更加丰富多彩,但令纯一惊讶的是,两年前音梦曾经提到的“七月的樱花”似乎与这次樱花盛开有着某种关联……