皮皮鲁、舒克和贝塔发现白客公司抢走了缩小芯片,于是他们决定一起回家。但是在逃避捕鼠队途中,他们来到了交易市场。捕鼠队依然紧追不舍,朋友加西和琪琪为了保护他们,布置了各种防御措施,和强大的机械狗、无人机展开了激烈的战斗。同时,老鼠科学家也加入了战斗,他们也想要抢夺芯片。
在危急关头,皮皮鲁决定缩小加西、方猎猎等人,大家一起商讨如何应对白客公司的威胁。与此同时,白客公司正在转移实验室。舒克、贝塔、琪琪等人驾驶着飞机坦克和摩托车,与白客公司展开了激烈的战斗,最终夺回了实验室。但是,恢复芯片却被白客公司夺走了。为了重新获得芯片,皮皮鲁改进了装备,帮助大家成功潜入白客公司。
在最终的决战中,舒克等人终于找到了恢复芯片,但却不幸被捕鼠队长抓住,被关进监狱。在监狱里,他们遇到了老对手白路。原来,他也被抓来做实验,因为拥有放电功能。在白路的帮助下,舒克等人成功逃脱。不料,科学家们也潜入了白客公司,控制了老板,最终的大战即将爆发。